A construção foi iniciada em 1838 pelo quarto Bogd Gegeen, mas, como acontece com a maioria dos mosteiros na Mongólia, as expurgos de 1937 recaíram fortemente sobre Gandan. Quando o vice-presidente dos EUA, Henry Wallace, pediu para ver um mosteiro durante sua visita à Mongólia em 1944, o primeiro-ministro Choibalsan se esforçou para abrir este mosteiro para encobrir o fato de que ele havia recentemente destruído a herança cultural da Mongólia. Gandan continuou sendo um 'mosteiro de shows' para outros visitantes estrangeiros até 1990.