Budowa została rozpoczęta w 1838 przez czwartego Bogd Gegeen, ale podobnie jak w przypadku większości klasztorów w Mongolii, czystki w 1937 mocno spadły na Gandan. Kiedy wiceprezydent USA Henry Wallace poprosił o zwiedzenie klasztoru podczas swojej wizyty w Mongolii w 1944, premier Choibalsan z poczuciem winy starał się otworzyć ten klasztor, aby ukryć fakt, że niedawno zdewastował religijne dziedzictwo Mongolii. Gandan pozostał „monasterem pokazowym” dla innych zagranicznych gości do 1990.