Dari 1656 hingga 1704, Mission San Luis berfungsi sebagai desa utama Apalachees dan merupakan ibu kota militer, agama, dan administrasi paling barat Spanyol. Mission San Luis adalah salah satu dari lebih dari 100 pemukiman misi yang didirikan di Florida Spanyol antara 1560 dan 1690. Itu adalah rumah bagi lebih dari 1,400 penduduk, termasuk kepala Apalachee yang kuat dan wakil gubernur Spanyol. Misi Hari Ini San Luis adalah satu-satunya misi Spanyol yang direkonstruksi di Florida.