La construcción fue iniciada en 1838 por el cuarto Bogd Gegeen, pero como sucedió con la mayoría de los monasterios de Mongolia, las purgas de 1937 cayeron duramente sobre Gandan. Cuando el vicepresidente de Estados Unidos, Henry Wallace, pidió ver un monasterio durante su visita a Mongolia en 1944, el Primer Ministro Choibalsan se apresuró a abrir éste para encubrir el hecho de que recientemente había devastado el patrimonio religioso de Mongolia. Gandan siguió siendo un "monasterio de exhibición" para otros visitantes extranjeros hasta 1990.