İnşaata 1838 yılında dördüncü Bogd Gegeen tarafından başlandı, ancak Moğolistan'daki çoğu manastırda olduğu gibi, 1937 'deki tasfiyeler ağır bir şekilde Gandan'a düştü. ABD Başkan Yardımcısı Henry Wallace, 1944 yılında Moğolistan'ı ziyareti sırasında bir manastır görmek istediğinde, Başbakan Choibalsan, son zamanlarda Moğolistan'ın dini mirasını yerle bir ettiği gerçeğini örtbas etmek için suçluluk duygusuyla manastırı açtı. Gandan 1990 tarihine kadar diğer yabancı ziyaretçiler için bir 'gösteri manastırı' olarak kaldı.